Melalui Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 298/Menkes-Kesos/SK/IV/2001 Tanggal 16 April 2001 terbentuklah Politeknik Kesehatan yang salah satunya adalah Politeknik Kesehatan Mataram. Berdasarkan keputusan tersebut Politeknik Kesehatan Mataram memiliki Jurusan Keperawatan, Jurusan Kebidanan, Jurusan Gizi, dan Program Studi Keperawatan di Kota Bima. Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor : HK.00.06.1.4.2.02225 Tanggal 1 Juli 2004 maka Akademi Analis Kesehatan Mataram diintegrasikan ke dalam Politeknik Kesehatan Mataram menjadi Program Studi Analis Kesehatan dari Jurusan Gizi.

Kemudian pada tahun 2007, sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 890/MENKES/PER/VIII/2007 Tentang Organisasi dan Tata kerja Politeknik Kesehatan Tanggal 2 Agustus 2007, nama ”Politeknik Kesehatan Mataram” menjadi ”Politeknik Kesehatan Depkes Mataram” dan struktur organisasinya mengalami perubahan lagi di mana yang semula hanya tiga jurusan kini menjadi empat jurusan yaitu Jurusan Keperawatan Mataram (membawahi Program Studi Keperawatan Mataram dan Program Studi Keperawatan Bima), Jurusan Kebidanan Mataram, Jurusan Gizi Mataram dan Jurusan Analis Kesehatan Mataram. Pada tahun 2008, Politeknik Kesehatan Depkes Mataram juga telah membuka tiga program studi pendidikan Diploma IV yaitu Program Studi D.IV Keperawatan Gawat Darurat (sekarang bernama D IV Keperawatan), Program Studi D.IV Bidan Pendidik (sekarang D IV Kebidanan) dan Program Studi D.IV Gizi Masyarakat (sekarang disebut Prodi D IV Gizi).

Berdasarkan penilaian akreditasi yang diselenggarakan oleh Pudiknakes Depkes RI tahun 2010 masing-masing Jurusan/Prodi D III di Politeknik Kesehatan Depkes Mataram memperoleh status akreditasi sebagai berikut :

Akreditasi yang Diperoleh Masing-masing Jurusan / Prodi D III di Politeknik Kesehatan Depkes Mataram Tahun 2010

Selanjutnya pada tahun 2010, terjadi perubahan nomenklatur “Departemen Kesehatan RI” menjadi “Kementerian Kesehatan RI” sehingga nama ”Politeknik Kesehatan Depkes Mataram” juga berubah menjadi ”Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram” sampai sekarang.

Berdasarkan akreditasi yang diselenggarakan oleh Pudiklatnakes Kemenkes RI tahun 2011, masing-masing Jurusan/Prodi D.IV di Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram memperoleh status akreditasi sebagai berikut :

Akreditasi yang Diperoleh Masing-masing Jurusan/Prodi D IV di Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram Tahun 2011

Mulai tahun 2015, status akreditasi masing-masing Jurusan/Prodi di Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram yang berlaku adalah berdasarkan penilaian akreditasi yang diselenggarakan oleh BAN-PT tahun 2015 dan LAM-PT.Kes. tahun 2016, sebagai berikut:

Akreditasi Jurusan/Prodi di Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram berdasarkan penilaian akreditasi yang diselenggarakan oleh BAN-PT tahun 2015 dan LAM-PT.Kes. tahun 2016 

Prodi D.III :

1. Prodi D.III Keperawatan Mataram, Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 31 Januari 2016, No. SK: 0308/LAM-PTKes/Akr/Dip/I/2016)
2. Prodi D.III Keperawatan Bima,  Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes tahun 2019)
3. Prodi D.III Kebidanan,  Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 31 Januari 2016, No. SK: 0334/LAM-PTKes/Akr/Dip/I/2016)
4. Prodi D.III Gizi, Status Akreditasi: B (oleh BAN-PT, 10 Juli 2015, No. SK: 771/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/VII/2015)
5. Prodi D.III Analis Kesehatan, Status Akreditasi: B (oleh BAN-PT, 9 Mei 2015, No. SK: 340/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/V/2015)

Prodi D.IV :

1. Prodi D.IV Keperawatan Mataram, Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 27 November 2016, No. SK: 0982/LAM-PTKes/Akr/Dip/XI/2016)
2. Prodi D.IV Keperawatan Bima,  Status Akreditasi : B (oleh LAM-PT.Kes tahun 2019)
3. Prodi D.IV Kebidanan,  Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 27 November 2016, No. SK: 0998/LAM-PTKes/Akr/Dip/XI/2016)
4. Prodi D.IV Gizi, Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 30 Oktober 2016, No. SK: 0952/LAM-PTKes/Akr/Dip/X/2016)
5. Prodi D.IV Analis Kesehatan, Status Akreditasi: B (oleh LAM-PTKes., 30 Oktober 2016, No. SK: 0891/LAM-PTKes/Akr/Dip/X/2016)

Selama berdirinya Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram, selain kegiatan Proses Belajar Mengajar (PBM), kegiatan-kegiatan juga ditekankan pada sosialisasi keberadaan Politeknik Kesehatan Kemenkes Mataram baik secara internal maupun eksternal. Bersamaan dengan itu pula dilakukan konsolidasi dengan mendirikan lembaga/unit, memadukan kegiatan administratif dan teknis, serta peningkatan jumlah sarana dan prasarana.

Hingga saat ini (2020) Polkesram telah memiliki 5 Program Studi (Prodi) Diploma 3, 5 Program Studi Diploma 4 Sarjana Terapan dan 1 Program Profesi yaitu :

1. Prodi D3 Keperawatan Mataram
2. Prodi D3 Keperawatan Bima
3. Prodi D3 Gizi Mataram
4. Prodi D3 Kebidanan Mataram
5. Prodi D3 Ahli Teknologi Laboratorium Medis (ATLM) Mataram
6. Prodi D4 Sarjana Terapan Keperawatan Mataram
7. Prodi D4 Sarjana Terapan Keperawatan Bima
8. Prodi Profesi Ners Mataram
9. Prodi D4 Sarjana Terapan Gizi dan Dietetik Mataram
10. Prodi D4 Sarjana Terapan Kebidanan Mataram
11. Prodi D4 Sarjana Terapan Ahli Teknologi Laboratorium Medis (ATLM) Mataram